JavaScriptでポップアップを表示する時(Lightboxとかページ内でポップするやつ)にflashの上に表示しようとすると なぜかflashの背面に表示されてしまうことがあるので解決方法のメモ。 (Greasemonkeyスクリプト書いてるときに少し詰まった。)
一つ目の方法 Flushの前面にページの領域を表示する – Ulmhaftで紹介されているように cssでポップアップする領域(divとか)を

position:fixed;
overflow:auto;

とすればflashより前面に表示されるみたいです。
二つ目の方法 こちらはflashの表示タグに変更を加える方法 参考web-conte.com | blue | Lightbox JS v2.0 と Flash

<!-- object要素内に下記を追加 -->
<param name="wmode" value="transparent" />
<!-- embed要素に下記の属性を追加 -->
wmode="transparent"

のようにembedタグに要素を加えるとflashより上に表示できる。 javascriptなら addParam(“wmode”, “transparent”); しかし、この方法はflash内のテキストフィールドに日本語を打てなくなるとういう欠点があります。

wmode を transparent に設定した際の注意点 他にいい方法はあるのかな？
後は考えられるのはflashをdivなどのコンテナで囲んで、表示非表示を切り替える方法。
この方法は毎回flashの再生がスタート地点に戻るので使いづらいかも。