JavaScriptにもJavaDocのようなコメントからAPIドキュメントを生成するツールがいろいろとあるため、どのようなものがあるか少し調べて見ました。基本的なコメントの書き方は大体がJSDocと共通しているので、特に言及がなければそのような書き方が通るものが多いです。

JSDoc(開発停止)の後継であるため最も有名だと思います。
現在はver2で機能追加のリクエストは停止されていますが、JSDoc 3が開発中となっているそうです。
情報量もそこそこあると思うので、APIドキュメント生成ツール関係について調べる時に参考になる。
Closure Compilerなどいろいろなところで使われていたりします。
-JsDoc Toolkitを使う！ – トップページ

YahooのYUI Libraryで使用されているドキュメント生成ツールです。
Pythonで書かれています。

Ext JS/Sencha Touch風のドキュメント生成ツールです。
ドキュメントの似た目もリッチ
-ext-docでSencha Touchのドキュメントを作ってみる – プログラマとSEのあいだ

JavaScriptMVCで使用されているドキュメント生成ツールです。
ドキュメント自体の作りを意識した@pageや@tagなどの要素があるのが特徴的。
rhino(Java)を使っているようです。

多種多様な言語に対応しているドキュメント生成ツールです。
他のものとは書き方が異なり、パラメーターなどを使わずに自然な形で書けるように設計されています。
-NaturalDocsの書き方と、出力結果 – 今日もコーディング日和

どこかで使われているのは見たことないです。
ANTが使われているようです。

Aptanaで使われているドキュメント生成ツールです。
Aptana内のコードアシストに反映したりします。
-Aptanaの使い方解説

node.js製のドキュメント生成ツールです。
Doxを見るとわかりますがコメントとソースコードを並べて表示します

CoffeeScript/JavaScriptに対応したnode.js製のドキュメント生成ツールです。
APIドキュメントというよりはコメントとソースコードを並べて読ませる感じのHTMLを生成します。
backbone.jsなどでも使われていたりして、ソースコードを読ませるのには向いているものだと思います
兄妹ツールとしての派生が多いツールです

  1. Ruby – http://rtomayko.github.com/rocco/
  2. Sh – http://rtomayko.github.com/shocco/
  3. Python – http://fitzgen.github.com/pycco/

いろいろ紹介しましたが、基本的には書き方はJSDocなので似た目や機能などに違いが現れることが多いです。

JavaScript Documentation – The JSMentors JavaScript Discussion Group | Google グループ : http://groups.google.com/group/jsmentors/browse_thread/thread/ab8884987bf4517c

JavaScriptのドキュメントフォーマットにはどんなものがあるの？ – Nobody is perfect. : http://d.hatena.ne.jp/takimo/20101105/1288933921

ext-doc – Project Hosting on Google Code